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华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室在改进细菌16S rRNA基因高通量测序方法研究上有新进展（图）
华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室 细菌 16S rRNA 基因高通量测序 微生物组
2020/6/5
近日，华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室谢卡斌课题组在Microbiome发表了题为“Engineering CRISPR/Cas9 to mitigate abundant host contamination for 16S rRNA gene-based amplicon sequencing”的研究论文，论文报道了一种改进的细菌16S rRNA基因高通量测序方法。
【目的】探明灰飞虱Laodelphax striatellus体内细菌的群落结构和种类多样性。【方法】采用Illumina MiSeq测序平台对新羽化24 h的灰飞虱雌雄成虫体内细菌16S rRNA的V3-V4 变异区序列进行高通量测序，应用USEARCH 和Silva等软件和数据库来统计样品序列数目和操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU) 数量，分析灰飞虱...
Characterization of the Fecal Microbial Communities of Duroc Pigs Using 16S rRNA Gene Pyrosequencing
Duroc Pigs Fecal Microbiota 16S rRNA Gene Pyrosequencing
2016/5/18
This study characterized the fecal bacterial community structure and inter-individual variation in 30-week-old Duroc pigs, which are known for their excellent meat quality. Pyrosequencing of the V1–V3...
Rapid Origin Determination of the Northern Mauxia Shrimp (Acetes chinensis) Based on Allele Specific Polymerase Chain Reaction of Partial Mitochondrial 16S rRNA Gene
Allele-specific Polymerase Chain Reaction Origin Identification
2016/5/18
Acetes chinensis is an economically important shrimp that belongs to the Sergestidae family; following fermentation, A. chinensis′ economic value, however, is low in China, and much of the catch in Ch...
近期，中科院武汉病毒研究所周宁一研究员课题组在基因组内16S rRNA基因的差异性而导致的原核生物多样性高估研究方面取得重要进展。相关结果发表在10月的微生物学刊物Applied and Environmental Microbiology上，并被本期杂志选为亮点文章（Spotlight: Articles of Significant Interest Selected from This Is...
对5种双壳类软体动物(近江蛏Sinonovacula rivularis、缢蛏Sinonovacula constricta、小刀蛏Cultellus attenuatus、尖刀蛏Cultellus scalprum和大竹蛏Solen grandis)的线粒体基因COⅠ和16S rRNA部分序列进行测序和分析,并结合GenBank中其他竹蛏超科和樱蛤超科物种COⅠ和16S rRNA片段,计算种间遗...
鲟形目线粒体16S rRNA的部分序列变异及系统发生
鲟形目 线粒体DNA 16S rRNA 系统树
2012/11/21
采用通用引物对3种鲟形目（Acipenseriformes）鱼类，中华鲟（Acipenser sinensis）、俄罗斯鲟（Acipenser gueldenstaedtii）和匙吻鲟（Polyodon spathula）的16S rRNA基因部分片段进行扩增，并与NCBI数据库中获得另外6种鲟形目鱼类相应的16S rRNA序列部分进行比较，探讨鲟形目2个科5个属共9个种之间的遗传变异和亲缘关系....
应用16S rRNA基因V2高变区序列进行链霉菌分子分类
系统进化分析 链霉菌 16S rRNA基因
2009/9/10
用16S rRNA部分序列对Williams数值分类系统所包含的链霉菌属种或种群进行系统进化分析 。以包含16S rRNA 基因V2高变区在内的120 bp长核苷酸序列所作的系统进化树表明：这 些链霉菌可分为34个簇，其中大簇5个（包括27～85株菌株）；中等大小簇3个（包括9～12 株菌）；小簇8个（包括2～6株菌）；单成员簇19个。结果同时表明，Williams数值分类系 统中根据形态、生理...
洱海鱼腥藻优势种的形态鉴定与16S rRNA 基因序列分析
系统进化 卷曲鱼腥藻 优势种 洱海鱼腥藻
2009/8/4
洱海鱼腥藻优势种的形态鉴定与16S rRNA 基因序列分析。
测定了4个种（红蹼树蛙、黑蹼树蛙、白斑小树蛙和红吸盘小树蛙）共11个种群的16S rRNA基因片段。双斑树蛙、马来棱皮树蛙、越南棱皮树蛙以及日本溪树蛙的同源序列通过GenBank检索获得。去除所有插入、缺失及模糊位点后，比对序列长度为500 bp, 其中变异位点115个, 简约信息位点92个。以日本溪树蛙为外群，运用Bayesian法、MP法和ML法构建了系统发育树。结果表明红蹼树蛙和白斑小树蛙在...
用ABI 377自动测序仪测定了蚱科5属11个种的12S和16S rRNA基因部分序列，并从GenBank获得1属1种的同源序列；用Clustal X 1.81比较其同源性，用Mega 2.1计算序列变异性和遗传距离。在获得的736 bp序列中，A+T含量为71.2%-77.5%，平均为73.9%；G＋C含量为22.5%-28.8%，平均为26.1%。经Clustal X1.81软件比对，共得到7...
采用分子动力学方法(Molecular dynamics, MD)对托普霉素(Tobramycin)与16S rRNA的A位点复合物的特异性识别机制进行了理论模拟研究, 模拟时间为3.6 ns. 结果表明, A位点中波动最大的部位是两个环外碱基A1492和A1493; tobramycin的环Ⅰ和环Ⅱ是其最保守的结构单元, 可能参与了Tobramycin与16S rRNA的A位点之间的特异性识别....
油菜叶绿体16S rRNA 基因前导顺序的一级结构
油菜 叶绿体DNA 16SrRNA 顺序分析
2008/2/4
摘要质粒pBN119的3.2kb BamHⅠ片段的PvuⅡ-BglⅡ片段全顺序长为840bp，其中含油菜叶绿体16 S rRNA基因5′端的140bp。通过寻找GTTC顺序，发现在395至468位核苷酸之间是tRNA Val基 因；在73至118位核苷酸之间是一个蛋白读框。和已发表的玉米叶绿体16SrRNA前导顺序进行 比较，同样存在三个相应的大肠杆菌RNA聚合酶的结合位点。和大肠杆菌的启动子及相...
摘要油菜ct-DNA经Bam HI酶解在。.I%琼脂糖上电泳呈现出27条DNA带，其中最大的为
12.4kb,最小的为lkb。我们以PI3It322为载体构建了油菜ct-DNA Bam HI片段文库。用烟草的16S和23S rRNA标记探针和油菜cL-DNA Barn HI带型杂交，证明Fs, F1,和I{ ,‘含有16S-23S rDNA。根据植物叶绿体rRNA基因的大小及排列，推算出F,，含...