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空间搭载水稻种子后代基因组多态性及其与空间重离子辐射关系的探讨
水稻种子(rice seeds) 基因组变化(genomic changes) 空间搭载(on board spaceship) 重离子辐射(HZE particles in space)
2008/5/19
神舟三号飞船搭载带核径迹辐射探测器的水稻种子装置，回收后应用随机扩增多态性DNA（random amplified polymorphic DNA, RAPD）技术，分析了201粒升空种子长出植株的基因组多态性。在检测的189个基因座位范围内，30.2%的植株中发现与地面对照不同的扩增带，单株的多态性座位数为1~25。特异扩增带的测序及单核苷酸多态性（single-nucleotide polym...
CpG岛的甲基化是表观遗传中基因表达调控的重要机制。虽然目前已存在几个从DNA序列判别CpG岛的标准，但如何在标准中选择合适的参数仍是研究的焦点。文章通过分析比较两种经典CpG岛判定标准与三种预测方法，提出了改进的CpG岛预测方法———CpGI Seeker。应用该预测方法，结合判定标准中的三个基本参数组合出的13组组合参数，在人类全基因组范围内进行了CpG岛预测，并统计分析了CpG岛的重复序列组...
质粒pUC18 DNA的螺线管型超螺旋结构
DNA拓扑结构(DNA topology) 螺线管型超螺旋DNA(Solenoidally supercoiled DNA) 螺线管型DNA Ⅱ(Solenoidally relaxed circular DNA) 电子显微镜(Electron microscopy)
2008/3/7
理论上，游离的超螺旋DNA可以采取两种结构形式：互缠式超螺旋和螺线管型超螺旋。前者早已被透射电子显微镜和原子力显微术的研究所证实，而后者却仍然缺乏足够的证据。使用温和的清亮裂解液法，从DNA拓扑酶野生型大肠杆菌HB101细胞抽提质粒pUC18 DNA。经CsCl-EB平衡密度梯度超离心分离获得超螺旋pUC18 DNA和松弛型pUC18 DNA (DNA Ⅱ）。纯化DNA分别用疏水性溶剂系统...
利用序列比较寻找胰岛素基因表达启动区与DNA结合蛋白的结合位点
DNA结合蛋白(DBP)(DNA binding protein(DBP)) 胰岛素基因启动区(Promoters of insulin gene) 模体和结构域(Motif and domain) 结合位点(Binding site)
2008/3/7
NDF1、IPF1和HNF4是与胰岛素基因表达有关的DNA结合蛋白，通过比较SWISSPROT蛋白质数据库中人类、小鼠、大鼠这三种核蛋白氨基酸一级序列、模体和结构域，发现其结构十分相似，根据蛋白质结构和功能的关系，推测这些DNA结合蛋白与胰岛素基因结合的核苷酸序列相似；从GenBank核酸数据库中获得人类、小鼠、大鼠胰岛素DNA序列，用ClustalW比较三者Promoter区的核苷酸序列，显...
离子注入法将外源DNA直接导入小麦的研究
离子注入(Ion implantation) GUS基因(GUS gene) 小麦(Wheat) 直接导入(Direct delivery) 成熟种子(Mature seeds)
2008/3/7
通过离子束介导法将外源GUS基因直接导入小麦成熟种子。组织化学染色结果表明:GUS基因的瞬时表达率可以达到70%以上。当代(R0)PCR分析结果表明,阳性植株的频率与离子注入剂量有关,适宜的注入剂量为7×106离子/cm2。PCR-Southern和Southern B1ot分析结果表明外源基因已整合到小麦基因组中,说明离子束介导外源DNA直接导入小麦是可行的。另外还探讨了用离子束介导创造...
离子束介导甘蓝全DNA转化拟南芥菜的分子分析
低能Ar+离子介导外源全DNA转化(Total DNA transformation mediated by keV Ar+ ion beam) 拟南芥菜(Arabidopsis thaliana) 随机扩增的多态性DNA(Randomly amplified polymorphic DNA) 同源比对
2008/3/7
30 keV的Ar+离子束在1.5×1017 ions/cm2的注入剂量下介导外源甘蓝全DNA导入模式植物拟南芥菜，在94株转化当代植株中，有6株表型产生变异。以其中的一株(T-5)作为研究对象，用80条10碱基随机引物对该株和其子代变异株基因组作随机扩增的多态性DNA分析，引物S176 在T-5和其变异子代T-5-2中扩增出了相同分子量的变异新条带T-5S176-620。T-5S176-...
基于支持向量机识别真核生物DNA中的翻译起始位点
支持向量机(Support vector machine) 翻译起始位点(Translation initiation site) 数据优化(Data optimization) 敏感度(Sensitivity)
2008/3/7
翻译起始位点（TIS）的识别是真核生物基因预测的关键步骤之一，近年来一直得到研究人员的高度重视。基于TIS附近序列的统计特性，出现了一些辨识TIS的判别方法，但识别精度还有待进一步提高。针对传统支持向量机（SVM）方法中存在的不足，提出了基于数据优化法的SVM，它通过其它统计学模型优化训练数据集，进而提高分类器的辨识精度。实验结果表明基于数据优化法的SVM分类器在翻译起始位点的辨识上可获得...
急剧弯曲DNA柔韧性的研究进展
DNA急剧弯曲成环；(DNA sharp bending ) J因子(J factor) DNA维持长度P(DNA persistence length P) DNA柔韧性(DNA flexibility.)
2008/3/7
基因调控以及核小体和病毒的包装行为都会涉及DNA的急剧弯曲成环。DNA分子的环化是研究其本身柔韧性的主要方法。目前已经发展出很多研究DNA环化的模型，其中WLC（worm－like chain）模型较为成熟。本文综述了DNA环化的重要参数，影响因素以及关于DNA急剧弯曲成环研究的最新进展。The flexibility of sharply bent DNAAbstract: DNA sha...
基于氨基酸序列预测蛋白质功能性点突变位点
突变(Point mutant) 替换突变(Substitution) 蛋白质功能预测(Protein function prediction) 信号处理(Signal processing)
2008/3/6
突变是研究蛋白质结构和功能的重要方法。点突变实验中，突变位点的选择随机性大，若能对突变后蛋白质功能是否发生变化做出预测将大大减少实验的盲目性。为此，设计了一个基于信号处理的单点替换突变预测模型，对序列上每个位点所有可能的氨基酸替换的效果进行估计。使用蛋白质突变数据库（Protein Mutant Database，PMD）里的12 个蛋白共2700 多个点突变的数据集，对以上模型进行了验证。结...
空间搭载诱导水稻种子突变的分子标记多态性分析
空间搭载(Space flight) 水稻突变体(Rice mutants) 分子标记分析(Molecular marker analysis)
2008/3/6
以卫星空间搭载广东水稻品种特籼占13干种子，返地种植后经5代选择、培育，获得一批形态及育性变异的突变体及品系(种)，如株高变矮，稻穗变大，雄性不育等。为了探索空间诱变的本质，对选出的6个突变体及2个优良品系，选用了130个10-mer随机扩增多态性DNA(RAPD)引物和17对扩增片段长度多态性(AFLP)引物组合，分别对其基因组DNA进行多态性位点扫描分析，两种方法的结果均显示：不同的突变体...
莱茵衣藻叶绿素暗合成突变体y-1类囊体膜形成过程中PSI核心色素蛋白复合物CPI的积累
词衣藻Y-1突变体(Chlamydomonas reinhardtii Y-1,) 类囊体膜形成(Thylokoid biogenesis) PSI核心色素蛋白复合物CPI(photosystem Ⅰcore complexes CPI)
2008/3/6
主要运用温和电泳和蛋白印迹技术检测了暗培养4天脱绿的衣藻Y-1细胞以及转绿后Y-1细胞光系统I的核心色素蛋白复合物（CPI）和核心叶绿素脱辅基蛋白PsaA/B。暗培养衣藻细胞中，PSI中主要的色素蛋白复合物-CPI完全缺失，然而核心多肽PsaA/B仍有一定量的积累，同时检测不到P700的含量。当脱绿的Y-1细胞转移至光照下(50 μ mol Photons m-2 s-1)时，伴随着叶绿素的...
双链DNA 膜效应在序列点突变电化学检测中的应用
双链DNA 膜效应 序列点突变 电化学检测
2008/3/6
一种基于金表面的双链DNA 分子层检测DNA 点突变的新方法。致密的双链DNA 分子层可以将禁闭在金表面和双链DNA 之间,或者将信号分子与金表面隔离开，使其无法接触裸金面。当双链DNA 分子层出现DNA 点突变时，分子层破裂，信号分子离开或进入金表面，从而产生测量信号的差异。在实验系统中采用Fe(CN)63-作为信号分子。在特定的温度下，完全互补的序列和单碱基点突变的序列的信号比达到了100...
云南阿昌族G6PD基因突变G487A在DF213中的表达
阿昌族(AChang people) 葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(Glucose-6-phosphate dehydrogenase) 基因(Gene) 表达载体(Expressional vector)
2008/3/6
为获得阿昌族G6PDWT和G6PDG487A重组蛋白，研究G6PDG487A的结构和功能改变，从云南省德宏州梁河县杞木寨乡湾中村阿昌族聚集地的G6PD缺陷家系先证者和正常阿昌族个体全血提取RNA，经RT-巢式PCR得cDNA, 将cDNA克隆至pMD18-T simple载体中并测序；错配碱基经定点突变修复后，目的基因亚克隆至pThioHis(A)载体，构建了阿昌族G6PD基因野生型和G4...
荧光研究表明去辅基天青蛋白突变体M121L至少存在两种不同的构象
天青蛋白(urea denaturation) 变性(unfolding) 折叠机制(azurin) 荧光(fluorescence) 多种构象(stopped-flow)
2008/3/6
以往对绿脓杆菌去辅基天青蛋白变性机制的研究认为它经历了一个复杂的反应过程，相比之下，锌离子替代的天青蛋白的变性符合简单的二态模型（Engeseth and McMillin (1986) Biochemistry 25, 2448-2455; Leckner et al. (1997) Biochim. Biophys. Acta 1342, 19-27）。本文以脲为变性剂对去辅基天青蛋白...
密码对的使用与基因组进化
基因组进化(Genome evolution) 密码对(Codon pairs) 三联体对(Triplet pairs) Г(α,β)分布(Г(α,β)distribution)
2008/3/6
以5种真核、20种细菌、10种古菌生物的基因组为样本，分析了编码序列中密码对和基因间序列中三联体对的相对模式数随频数的分布，验证了这种分布符合Г(α,β)分布。发现分布形状参数α值与生物基因组进化存在明显的相关性；编码序列与基因间序列的进化方式截然不同。随着进化，编码序列的分布形状逐渐向随机分布靠近（α值逐渐增大）。而对基因间序列，古菌与真核生物的分布形状接近，与细菌的分布相差明显。Codon...