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上海交通大学提出元DNA结构自组装概念并取得重要进展（图）
上海交通大学 元DNA结构 自组装 概念
2020/9/16
近日，上海交通大学化学化工学院樊春海院士团队与美国亚利桑那州立大学Hao Yan（颜颢）教授团队合作发展了一种通用的“元DNA”（M-DNA）策略，这些元DNA结构可通过自组装形成微米尺度的静态与动态结构。该工作以“Meta-DNA structures”为题发表于Nature Chemistry （https://www.nature.com/articles/s41557-020-0539-8...
日前，由我校化学生物传感与计量学国家重点实验室、化学化工学院和生物学院谭蔚泓教授领衔的分子科学与生物医学实验室（MBL 实验室）利用DNA组装技术在仿生巨型囊泡膜表面实现了可逆调控三维DNA纳米结构。相关研究成果以“Facile Assembly/Disassembly of DNA Nanostructures Anchored on Cell-Mimicking Giant Vesicles”...
铂配合物与DNA碱基对间相互作用的理论研究
Pt(II)配合物 Pd(II)配合物 Ni(II)配合物 碱基对 氢键 HF方法 密度泛函理论(DFT)
2009/12/25
用量子化学方法研究一系列Pt(II)配合物作用于嘌呤碱基N7位点后对Watson-Crick碱基对AT、GC的影响. 计算结果显示铂配体与碱基对AT、GC的作用以静电作用为主，同时极化作用也是影响GC碱基对的重要因素. 静电作用极大地增强了铂化嘌呤碱基与嘧啶碱基间的相互作用，而嘌呤碱基与嘧啶碱基间作用与未铂化碱基对作用相近. Pd(II) 和 Ni(II)的相关研究得到类似的结果. 碱基对间氢键作...
双链DNA分子内电荷转移超交换机理
DNA 二氨基嘌呤(Ap) 超交换机理 跳跃机理
2009/12/8
设计并合成了一系列寡聚核苷酸组成的双链DNA分子,通过检测样品中二氨基嘌呤(Ap)荧光峰强度和相对荧光量子产率来研究DNA分子内电荷转移.实验中直接分辨和观测到双链DNA分子内电荷转移超交换机理,超交换机理在近距离起作用；而电荷转移跳跃机理,可能是通过极子运动形式体现.
含大的平面胺配体的二价钯金属配合物在当前的抗肿瘤药物设计中代表着一类具有重要发展前途的先导结构. 由于大的平面胺配体具有较大的空间位阻, 目前主要的问题是这类化合物能否和DNA碱基结合形成单功能和双功能加合物. 我们采用密度泛函理论和等电聚焦连续极化(IEF-PCM)溶剂化模型研究了trans-PdCl2L2(L:2-羟基吡啶)的钯配合物与DNA碱基的作用. 该化合物与DNA形成单功能和双功能加...
α-羟基化吡咯烷亚硝胺代谢及形成DNA加合物反应机理的理论研究
α-羟基化吡咯烷亚硝胺 密度泛函理论 DNA加合物 致癌
2009/11/25
采用密度泛函理论, 在B3LYP/6-31G**水平上, 研究了气相和水溶剂中, α-羟基化吡咯烷亚硝胺(α-hydroxylation-NPYR, A)代谢为终致癌物重氮氢氧化物(B)、重氮烷阳离子(C)和氧离子(D), 以及C与鸟嘌呤碱基相互作用的反应机理. 化合物A代谢为终致癌物, 涉及异构化和质子化过程, 是相对容易进行的放热反应. 终致癌物C与鸟嘌呤在N7位形成DNA加合物F和G的反应,...
金属核酸酶及寡聚酰胺与双链DNA分子对接模式的理论研究
金属核酸酶 分子对接 寡聚酰胺 AutoDock程序
2009/11/23
采用分子对接软件AutoDock分别研究了金属核酸酶、寡聚酰胺与DNA对接模式. 研究结果表明, 金属核酸酶、寡聚酰胺与DNA对接结果与实验数据吻合得较好. 在金属核酸酶与DNA的对接中, 最优构型都是金属核酸酶对接在DNA的小沟内. 随着中心金属上电荷的增加, 最大对接能呈现上升趋势. 尤其是配体体积较小的金属核酸酶, 最佳对接位点受中心金属上电荷影响较大, 即随着中心金属上电荷的从少到多, 最...
新型DNA分子光开关钌(Ⅱ) 配合物的研究
钌(Ⅱ)配合物 插入键合 光开关
2009/11/16
我们已经报道了一系列插入键合的Ru(Ⅱ)金属配合物及其酸碱性质. 在此基础上本文研究了一个含2-(苯并噁唑基)-二吡啶并[2,3-f: 2′,3′-h]喹喔啉(bdpq)的新型DNA插入键合Ru(Ⅱ)配合物,与同类配合物相比,具有良好的DNA分子光开关性质.
用分子对接方法研究了HIV-1整合酶(Integrase, IN)二聚体与3’ 端加工(3’ Processing, 3’-P)前的8 bp及27 bp病毒DNA的相互作用, 并获得IN与27 bp病毒DNA的特异性结合模式. 模拟结果表明, IN有特异性DNA结合区和非特异性DNA结合区; IN二聚体B链的K14, R20, K156, K159, K160, K186, K188, R199和...
利用适用于分子间弱相互作用, 尤其是生物分子间的氢键相互作用的改进的半经验方法RM1BH和达到线性标度的新的半经验算法以及SimuCal_SE方法, 与自主开发的量子化学程序包SimuPac 1.0, 对4组一系列DNA和RNA碱基的氢键结合能进行了计算. 这些计算包括单一碱基类型和混合碱基类型两大类情形, 最大的原子数达到1064个. 计算结果表明, 在碱基层数较少时, DNA和RNA氢键结合能...
研究发现, [Ru(phen)2dppz]2+表现出非常强的自聚合倾向, 并显著影响DNA的键合性质, 有关方面的研究应引起科研工作者的足够重视.
非经典三铂核药物与DNA作用的理论研究
BBR3464([{trans-PtCl(NH3)2}2-μ-{trans-Pt(NH3)2(NH2(CH2)6NH2)2}]4+) DNA片段 分子力学方法 分子动力学方法 量子化学方法
2008/9/19
利用分子力学、分子动力学和量子化学等计算方法研究了新型临床二期抗癌药物BBR3464([{trans-PtCl(NH3)2}2-μ-{trans-Pt(NH3)2(NH2(CH2)6NH2)2}]4+)与寡聚DNA片段复合物的几何构型及其电子结构. 结果表明, 利用分子力学和分子动力学确定的复合物结构与实验的基本吻合. BBR3464为+4价高电荷铂药, 与两端的铂相连的两个Cl配体间的距离是2...
用分子动力学(MD)模拟方法优化了HIV-1病毒DNA与整合酶(IN)二聚体(IN2)复合物模型结构, 并分析了HIV-1病毒DNA结合IN2后的构象变化. 结果表明, 按照HIV-1病毒DNA与IN2结合能力的强度, 病毒DNA可分为五个区域: 非结合区、强结合区1、弱结合区、强结合区2和反应区, 并用结合自由能计算验证了该分区的合理性. 与未结合IN2的病毒DNA相比, 复合物模型中病毒DNA...
DNA小沟结合二脒:水分子的识别作用
小沟结合 二脒 水分子 分子识别
2010/1/14
采用分子动力学模拟了DB921-DNA复合物, 通过7 ns的模拟研究表明: DB921一端的氨基氮原子与一个水分子形成氢键, 同时, 水分子又与DNA的5位A碱基的氮原子形成一个氢键. 水分子在DB921与DNA小沟结合中起了桥连的作用, 使得直线型的芳香二脒化合物DB921通过水桥与DNA小沟结合, 水分子诱导DB921分子与DNA的小沟域构型相适应, 与DNA小沟域的AATTC碱基有较强的结...